A clorexidina é um dos agentes antimicrobianos mais cuidadosamente estudados e o mais potente. Ela é altamente eficaz e em geral utilizada como padrão contra o qual è medida a potência de outros agentes.
Na forma de solução, a concentração preferida é de 0,12%, utilizada duas vezes ao dia, durante 1 minuto.
Dentre os efeitos adversos relatados com o uso prolongado da clorexidina podemos citar a coloração dos dentes, descamação reversível da mucosa, alterações do paladar e aumento dos depósitos calcificados supra-gengivais.
Deve ser ressaltado que o manchamento provocado pela clorexidina não é no dente, e sim na película adquirida que está adsorvida ao dente. Portanto, sendo este manchamento extrínseco, ele pode ser removido por uma profilaxia dental ou descoloração com agentes oxidantes.