O uso contínuo (por algumas semanas) de omeprazol é recomendado para o tratamento de algumas doenças do estômago, sendo que em alguns casos o tratamento prolongado é necessário.
Até o momento não foram encontradas evidências de que seu uso prolongado possa causar algum dano para o paciente. O que pode ocorrer é o aumento de alguns efeitos adversos -sem maior gravidade – no uso de longo prazo.