O tratamento da pelagra é feito com reposição de vitamina B3 (niacina). Essa reposição pode ser realizada com nicotinamida (niacinamida) ou ácido nicotínico. É preferível realizar a reposição com nicotinamida pelo menor número de efeitos adversos. A nicotinamida não está disponível comercialmente no Brasil, mas pode ser formulada em farmácias magistrais (farmácias de manipulação).
A dose recomendada é de 100 mg, a cada 6 horas (com as refeições), até resolução dos sintomas maiores (alguns poucos dias), seguido por 50 mg, 2 a 3 vezes por dia, até resolução completa das lesões de pele. A rápida resolução dos sintomas após o início da suplementação confirma o diagnóstico. Casos muito graves podem necessitar de tratamento hospitalar, com reposição parenteral de nicotinamida, na dose de 1 g, 3 a 4 vezes ao dia.
O ácido nicotínico não costuma ser utilizado para reposição devido ao seu maior número de efeitos adversos como flushing, prurido, parestesias e náuseas. Além disso, o ácido nicotínico recomendado na reposição é o de liberação imediata. No entanto, no Brasil só há disponibilidade de comprimidos de liberação prolongada (Metri® e Acinic®), sendo as dosagens não equivalentes.